# 使用场景

假设有一个 fasta 格式的序列文件 SRR9620252.faa ，我们想要提取其中的一些序列到一个新的文件中，我们拥有这些序列的 id （假设这些 id 存放在文件 ids.txt 中）。常规操作的话，可以复制 id，在 fasta 文件中打开搜索，粘贴 id，点击查找，复制找到的序列，粘贴到新的文件中（假设为 Seqout.fasta ）。假如你只找一条序列，1 min 之内可以完成，假如你要找 100 条序列，1 h 可能没了。而用 PGCGAP 可以在 1 min 之内完成，剩下的 59 min 可以喝喝茶。

# 使用方法

# PGCGAP 安装

参考官网，需要版本 v1.0.35 及以上。

# 开始提取

在终端里打开 PGCGAP 的 conda 安装环境，并运行如下命令：

# ids.txt中含有要提取序列的id，可以是一列或者多列，如果为多列，需要用空格或者制表符来分隔列与列，id本身是不能带空格的。

pgcgap --ACC --id2seq --ids ids.txt --seqin SRR9620252.faa --seqout Seqout.fasta

提取的文件保存在 Seqout.fasta 中。

# 引用

Liu H, Xin B, Zheng J, Zhong H, Yu Y, Peng D, Sun M. Build a bioinformatics analysis platform and apply it to routine analysis of microbial genomics and comparative genomics. Protocol exchange, 2022. DOI: 10.21203/rs.2.21224/v6