了尘兰若的小坑

# 7 图形 第 7 章向您展示了如何向绘图添加直接交互以及如何显示以其他方式生成的图像。 我们在第 2 章中简要讨论了 renderPlot() ; 它是在应用程序中显示图形的强大工具。本章将向您展示如何充分利用它来创建交互式绘图，即响应鼠标事件的绘图。您还将学习一些其他有用的技术，包括制作具有动态宽度和高度的绘图以及使用 renderImage() 显示图像。 在本章中，我们将需要 ggplot2 和 Shiny，因为我们将其用于大多数图形的绘制。 library(shiny)library(ggplot2)# 7.1 交互性 plotOutput()...

# 6 布局，主题，HTML 第 6 章详细介绍了在页面上布局输入和输出组件的各种方法，以及如何使用主题定制它们的外观。 # 6.1 前言 在本章中，你将解锁一些控制应用程序整体外观的新工具。我们将首先讨论页面布局（包括单页和 “多页”），让你组织你的输入和输出。然后你将学习 Bootstrap，Shiny 使用的 CSS 工具包，以及如何用主题定制它的整体视觉外观。最后，我们将简要讨论一下幕后发生了什么，这样如果你知道 HTML 和 CSS，你就可以进一步定制 Shiny 应用程序。 library(shiny)# 6.2 单页布局 在第 2...

# 第二部分概览 以下章节为您提供了一篮子有用的技巧。我认为每个人都应该从第 20.2.1 章开始，因为它为您开发和调试应用程序提供了重要的工具，并在您遇到困难时为您提供帮助。 之后，章节之间的联系不大，因而没有规定的学习顺序：我建议快速浏览以了解情况（这样如果将来出现相关问题，你可能会记住这些工具），否则只深入阅读你目前需要的内容。以下是主要主题的快速总结： 第 6 章详细介绍了在页面上布局输入和输出组件的各种方法，以及如何使用主题定制它们的外观。 第 7 章向您展示了如何向绘图添加直接交互以及如何显示以其他方式生成的图像。 第 8...

# 4 案例研究：ER 损伤 # 4.1 简介 在过去的三个章节中，我向您介绍了一系列新概念。为了帮助理解他们，我们现在将浏览一个更丰富的 Shiny 应用程序，该应用程序探索了一个有趣的数据集，并将您迄今为止看到的许多想法整合在一起。我们将从 Shiny 之外进行一些数据分析开始，然后将其转化为应用程序，从简单开始，然后逐步添加更多细节。 在本章中，我们将使用 vroom（用于快速读取文件）和 tidyverse（用于一般数据分析）来补充 Shiny。 library(shiny)library(vroom)library(tidyverse)# 4.2...

# 3 基础反应性 # 3.1 介绍 在 Shiny 中，您使用反应式编程来表达服务器逻辑。反应式编程是一种优雅而强大的编程范式，但起初可能会让人感到迷失，因为它与编写脚本的范式非常不同。反应式编程的关键思想是定义一个依赖图，这样当输入变化时，所有相关的输出都会自动更新。这使得应用程序的流程大大简化，但需要一段时间才能理解如何将所有内容整合在一起。 本章将为您提供对反应式编程的简单介绍，教授您 Shiny...

# 基础 UI # 引言 现在，您已经具备了基本的 Shiny 应用程序，我们可以开始详细探索使 Shiny 起作用的内容。正如您在上一章所看到的，Shiny 鼓励将生成用户界面（前端）的代码与驱动应用程序行为的代码（后端）分开。 在本章中，我们将重点关注前端，并向您展示由 Shiny 提供的 HTML 输入和输出的大致情况。这使您能够捕获许多类型的表单数据，并显示许多类型的 R 输出。到目前为止，您可能还没有很多将输入和输出拼接在一起的方法，我们将在第 6 章中回顾这一点。 在这里，我将主要关注 Shiny 自身内置的输入和输出。但是，还有一个丰富而充满活力的社区扩展包，例如...

# 引言 在本文中，我将着重介绍两种高通量测序技术： 16S rDNA扩增子测序 和 Shot-gun宏基因组测序 。我们的主要目的是帮助大家深入了解这些技术的原理、应用场景以及如何解读数据分析结果。 随着高通量测序技术的快速发展，我们能够更全面、更深入地了解微生物群落结构和功能。16S rDNA 扩增子测序作为一种常用的方法，可以通过对 16S rRNA 基因进行扩增和测序，快速揭示微生物群落的组成和多样性。而 Shot-gun 宏基因组测序则针对整个样本的全部基因组进行测序，提供了更全面的信息，包括微生物种类和功能丰度等。 通过阅读本文，我们希望您能够掌握以下几个方面的内容： 理解...

# 前言 本部分为学习 Shiny 的第一阶段 —— 挖坑。 在接下来的四章中，目标是让读者尽快学会编写 Shiny 应用程序。 在第一章中，作者将从小处着手，但内容完整，向读者展示应用程序的所有主要部分以及它们如何组合在一起。 在第二章和第三章中，读者将开始详细了解 Shiny 应用程序的两个主要部分：前端（用户在浏览器中看到的内容）和后端（使应用程序起作用的代码）。 第四章将通过案例研究来完成，以帮助巩固读者迄今为止所学的概念。 # 第一个 Shiny app # 简介 在本章中，我们将创建一个简单的 Shiny 应用程序。首先，我将向您展示 Shiny...

# 欢迎语 Shiny 是使用 R 代码创建 Web 应用程序的框架。它主要是为数据科学家设计的，为此，您可以在不了解 HTML，CSS 或 JavaScript 的情况下创建相当复杂的 Shiny 应用程序。另一方面，Shiny 并不限制您只能创建琐碎的或预制的程序：其用户界面组件可以轻松地定制或扩展，其服务器使用反应性编程让您创建任何类型的后端逻辑。Shiny 容易上手，当你深入了解它如何工作的时候，你就会更加意识到它是由强大的软件工程原理支撑的通用构建块。 如今，Shiny 的应用领域和行业几乎与 R...

# 前言 # 缘由 网络上随处可见 “某物种与人类的基因相似度高达 x%” 的说法。刚来 P 公司的时候 F 博曾问起过此事，初闻摸不着头脑，因为根本就不清楚说的是哪方面的相似性，讨论后一致认为这样的说法不合理。前几天需要制作一个宣传视频，F 博又找我谈起了斑马鱼和人类基因的关系，为了严谨，我去查了发表斑马鱼基因组的原文，发现文中所用的描述根本就不是 相似性 。责任心治好了我的懒病，不如写一篇短文来澄清一下这种说法。 # 认识同源性和一致性 要掰扯清楚所谓的这个相似性，需要搞明白两个概念： 同源性 和 一致性...