# 安装 Python 及依赖包
# python 下载安装
windows 用户请到 Python 官网 https://www.python.org/downloads 下载相应的版本，本教程在
version 3.10.0测试可行，建议安装 3.7 以上版本。Linux 系统自带 python，一般不需单独安装，除非版本太低，则需升级。
# 依赖包安装
# BeautifulSoup
以下命令可以在 Windows 中的 CMD/Powershell 或 Linux 终端中运行。
pip install BeautifulSoup4
# requests
pip install requests
# xlrd
pip install xlrd
# 通过 AI 搜索关键词获取文献列表
假设我们需要查找 代谢组学 和 微生物组 联合研究的文章，进入 AI based 文献检索网站 https://www.citexs.com/Paperpicky，输入关键词 “metabolomics;metabolome” 和 “microbiome”，并点击批量下载，保存为 Excel 格式（如下图所示）。
下载后会得到 “文献.csv”，打开文件检查各列是否与下图匹配。从左至右依次为 Title、Journal、IF、DOI、PMID、Pub_Date、Url，若不匹配，请先修改，如果第二例为作者信息，那么可将该列删除。
# 爬取文献保存至本地
本教程脚本基于 大阔同学 脚本修改而来，添加了参数，避免用户修改源代码；增加了随机 user-agent，避免下载次数过多被屏蔽。原理是基于文献 DOI，利用爬虫通过 SCI-HUB 下载文献。因此，必需要在 文献.csv 中提供 DOI。有些文章不在 SCI-HUB 中，或者网络环境较差，则会下载失败，失败信息写入 error.log 中。
将 DownloadPaper.py 和 文献.csv 放在同一目录下，并在该目录下 shift+右键 打开 Powershell 窗口（俗称 cmd），输入下面的命令，回车即可下载。如果电脑安装了 WSL Ubuntu，也可以进入 Linux 终端。
python DownloadPaper.py -f 文献.csv -o Papers -c 20
参数解析：
- f：指定包含文献信息的文件
- o：将文献下载至该参数指定的路径中
- c：影响因子阈值，低于该阈值的文献将不会下载
# 参考
Github
# 代码获取
关注公众号 “生信之巅”，聊天窗口回复 “29bf” 获取下载链接。
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敬告：使用文中脚本请引用本文网址，请尊重本人的劳动成果，谢谢！
