当一个基因组含有多个 Contigs/Scaffolds 的时候，在 GenBank 文件中也会产生多个 LOCUS。某些软件会将 GenBank 文件作为输入，但仅支持一个 GenBank 文件中只包含一条 Contig/Scaffold，如基因岛预测软件 islandpath。这个时候就需要我们将 GenBank 文件进行切割。手动切是体力活，也不像钓鱼那样有成就感，因此提供一个脚本 "split_GenBank.pl" 来完成。

敬告：使用该脚本请引用本文网址，请尊重本人的劳动成果，谢谢！

#!/usr/bin/perl

use strict;

use warnings;

# Author: Liu hualin

# Date: Oct 9, 2021

my @gbk = glob("*.gbk");# 批处理所有后缀为.gbk 的文件

foreach  (@gbk) {

	$_=~/(.+).gbk/;

	my $str = $1;

	open IN, "$_" || die;

	local $/ = "LOCUS";

	<IN>;

	while (<IN>) {

		chomp;

		$_=~/\s+(\S+)/;

		my $scaf = $1;

		my $out = $str . "_" . $scaf . ".gb";

		my $assession = $str . "_" . $scaf;

		$_=~s/ACCESSION.+/ACCESSION   $assession/g;# 添加 ACCESSION number

		open OUT, ">$out" || die;

		print OUT "LOCUS$_";

		close OUT;

	}

	close IN;

}

将脚本与后缀名为 “.gbk” 的 GenBank 文件放在同一目录下，运行如下代码：

perl split_GenBank.pl

得到的后缀名为 “.gb” 的文件即为切割后的 GenBank 文件。

# 脚本获取

关注公众号 “生信之巅”，聊天窗口回复 “d9f9” 获取下载链接。

敬告：使用文中脚本请引用本文网址，请尊重本人的劳动成果，谢谢！Notice: When you use the scripts in this article, please cite the link of this webpage. Thank you!