kSNP3 可以利用 reads、draft genomes 或 complete genomes 寻找 SNPs，并构建进化树。操作比较简单，小白比较容易上手。
1. kSNP3 安装
cd ~/tools | |
wget https://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_package.zip | |
unzip kSNP3.1_Linux_package.zip | |
#加入环境变量： | |
vim ~/.bashrc | |
i | |
export PATH=$PATH:$HOME/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3 | |
ESC | |
shift + ： | |
wq! | |
source ~/.bashrc |
编辑主程序 kSNP3 的第 8 行：
将 set kSNP=/usr/local/kSNP3
改为：set kSNP=/home/lhl/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3
注：根据自己的路径进行修改
2. 基本用法
#将所有的基因组文件放于 988_ksnp 目录之中，在其上一级目录下运行命令创建输入列表： | |
MakeKSNP3infile 988_ksnp inlist A | |
#运行命令创建输入序列集合： | |
MakeFasta inlist fastainput_988 | |
#计算最佳 K 值： | |
Kchooser fastainput_988 | |
#寻找 SNPs 并构建进化树： | |
kSNP3 -in inlist -outdir SNPs_20181214 -k 23 -ML -NJ -vcf -CPU 30 -core -min_frac 0.5 |tee Log_988_20181214.txt |
