有时候需要在 FASTA 格式的文件中搜索短的保守序列，这个时候采用查找法比使用 blast 等序列比对更加人性化。但是要注意避坑，即 FASTA 文档中的序列一般是被打断为许多行的，如果要查找的目标序列恰好在断行处，是没有办法直接揪出它的，所以在查找前需要将序列中间的换行符去掉，将其变为一行。

该任务可以通过 Perl 脚本 search_short_seqs.pl 实现。

#!/usr/bin/perl

use strict;

use warnings;

# Author: Liu Hualin

# Date: Oct 20, 2021

local $/ = ">";

open IN, "$ARGV[0]" || die;

open OUT, ">Target_seqs.fa" || die;

my $str = $ARGV[1];

<IN>;

while (<IN>) {

	chomp;

	my ($id, $seq) = split ("\n", $_, 2);

	$seq=~s/[\r\n]+//g;

	if ($seq=~/$str/i) {

		print OUT ">$id\n$seq\n";

	}

}

close IN;

close OUT;

运行方法：将 search_short_seqs.pl 与输入文件（FASTA 文件）放在同一目录中，在终端里运行如下命令

perl search_short_seqs.pl FASTA文件 要查找的序列

带有搜索序列的序列将输出到文件 Target_seqs.fa 中。

# 脚本获取

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敬告：使用文中脚本请引用本文网址，请尊重本人的劳动成果，谢谢！Notice: When you use the scripts in this article, please cite the link of this webpage. Thank you!